Verkfræðistofan Mannvit hefur lagt mat á stofnkostnaður við innviði Borgarlínu.  Vegagerðin og Reykjavíkurborg hafa rýnt þær kostnaðartölur m.t.t. sambærilegra framkvæmda.  Áætlaður kostnaður um 1,10-1,15 milljarður króna á hvern kílómetra á verðlagi í janúar 2017. Kostnaður við heildarnetið gæti því numið 63 til 70 milljörðum króna miðað við að fullt sérrými.  Miðað er við að Borgarlínukerfið verði byggt upp í áföngum og mun kostnaður því dreifast yfir langt tímabil.